První možnost otevřít střední školu v Strakonicích se objevila v roce 1906. V tomto roce byla zřízena v Kašperských Horách německá reálka a jako protiváha měla být zřízena v tomto regionu jedna česká střední škola. Rakouská vláda nabídla Strakonicím zřízení české střední školy, ale Strakonice se možnosti vzdaly ve prospěch Sušice, která byla v této době národnostně ohroženější.
Po vzniku Československa v roce 1918 byly podmínky pro rozvoj českého školství velice příznivé a 10. 6. 1919 se rozhodla městská rada podat ministerstvu školství žádost o zřízení reálného gymnázia. Ministerstvo však tuto žádost dlouho nevyřizovalo, a proto se dne 18. 6. 1920 obecní zastupitelstvo usneslo otevřít první třídu městského reálného gymnázia od 1. září téhož roku. Ministerstvo s tímto rozhodnutím souhlasilo za podmínek, které nebyly pro město příznivé. Po dobu deseti let neměly vznikat státu žádné finanční výlohy, ředitele a profesory mělo město platit ze svých finančních prostředků. Je třeba ocenit postoj tehdejšího obecního zastupitelstva, že i za těchto podmínek školu otevřelo. Situace se zlepšila v roce 1923, kdy byly školy zestátněny a veškeré náklady na provoz školy převzal stát. Město vydalo do té doby na školu necelý milion korun.
Do prvního ročníku osmiletého gymnázia bylo přijato v roce 1920 57 žáků. Škola byla umístěna v prvním patře tzv. zámku v areálu strakonického hradu, kde byly uvolněny dvě místnosti. V jedné se učilo a druhá sloužila jako ředitelna, sborovna i místnost pro sbírky. Profesorský sbor měl kromě ředitele Františka Kukrála jediného stálého člena a dále zde působili tři výpomocní učitelé z měšťanské školy a učitel náboženství.
Roku 1921 se škola stěhuje do budovy na Velkém náměstí, která byla pro školu zrekonstruována z městské radnice. Zde bylo gymnázium až do roku 1957, s výjimkou válečných let, kdy byla tato školní budova od roku 1940 zabrána německým vojskem. Během války v letech 1940-1945 se vyučovalo v dnešní Základní škole F. L. Čelakovského. V letech 1957- 1983 bylo gymnázium v Dukelské ulici a v roce 1983 se stěhuje do nově postavené budovy v Máchově ulici.
Tato budova byla postavena jako základní škola a dodatečnými úpravami byla přizpůsobena potřebám gymnázia. Byly vybudovány odborné učebny fyziky a biologie, laboratoře chemie, fyziky, biologie, dvě odborné učebny výpočetní techniky, učebna administrativy s elektronickými psacími stroji, videosál, fotokomora, sprchy. Bylo přistavěno patro učebního pavilonu U2 s multifunkčním dělitelným sálem, vybavenou učebnou výtvarné výchovy, dalšími učebnami a kabinety. V posledních deseti letech se podařilo vybudovat školní klub s audio-vizuální technikou i zázemím pro dramatickou tvorbu, školní knihovnu a především bezbariérovou úpravu školy (dokončenou r. 2019). Výrazným handicapem zůstává absence tělocvičny, o jejíž vybudování v podobě moderního multifunkčního zařízení dlouhodobě usilujeme.
Během své existence prošlo gymnázium celou řadou změn, které uvádí následující přehled.
Na Gymnáziu v Strakonicích odmaturovalo do roku 2000 celkem 5347 studentů. Rokem 2020 dosáhl celkový počet maturantů čísla 7 763 (z čehož bylo zhruba 38,2 % chlapců a 61,8 % dívek).
Mezi absolventy našeho gymnázia je celá řada vědeckých pracovníků, docentů a profesorů vysokých škol, mnozí se prosadili v umělecké sféře. Již během studia na gymnáziu dosáhli někteří významných úspěchů.
Ze známých osobností působili na škole jako učitelé:
V září 2020 měla škola oslavit 100. výročí svého založení. Oslavy se vlivem covidové pandemie podařilo uskutečnit s odkladem v červnu 2021. U té příležitosti byl vydán ALMANACH Gymnázium Strakonice 1920-2020, který je možné zakoupit v kanceláři školy nebo po domluvě poslat také poštou (cena 300 Kč + 100 poštovné a balné). Blíže o almanachu zde: